شهادت آیت‌الله مصطفی خمینی به روایت همسرش
در سال 1356 بحرانی گریبان سلطنت پهلوی را گرفت که پی‌آمد‌های آن پایان عمر رژیم را حتمی کرد. و آن بحرانی بود که با شهادت آیت‌الله سید مصطفی خمینی آغاز شد. ایشان در واپسین ساعات روز 30/7/56 در منزل خود در شهر نجف اشرف به شیوه‌ای نامعلوم به شهادت رسید.
شهید مصطفی خمینی از بدو شروع نهضت اسلامی همراه حضرت امام خمینی بود. ایشان اول بار در سال 1342 و پس از شروع نهضت دستگیر شد و پس از مدتی حبس، به ترکیه تبعید شد. پس از تغییر تبعید‌گاه حضرت امام خمینی ایشان نیز در سال 1344 از ترکیه به عراق رفت و در شهر نجف ساکن شد. آیت‌الله سیدمصطفی خمینی حدود 13 سال در حوزه علمیه نجف اشرف به تدریس و تألیف و تربیت طلاب علوم دینی مشغول بود و در کنار فعالیتهای علمی خود با انقلابیون مسلمان مرتبط بود و گاه تدارک آنان از ناحیه ایشان صورت می‌گرفت. روحیه انقلابی وی، مشوق بسیاری از مبارزان برای فراگیری فنون نظامی و چریکی بود. بیشتر این فعالیتها نمی‌توانست از نظر جاسوسان رژیم شاه به دور باشد. به همین دلیل اگر هم درگذشت این روحانی مبارز را رویدادی طبیعی بدانیم، شخصیت مبارزاتی او انعکاسی جز شهادت، آن هم به دست رژیم شاه در اذهان مردم متبادر نمی‌کرد. هر چند خاطرات به جای مانده از آن زمان نیز دلالت بر شهادت ایشان دارد. حجت‌‌الاسلام سید محمود دعایی دربارة آن روز می‌گوید: «متأسفانه در بیمارستان پزشک کشیک پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفته‌اند. با علائمی که روی پوست بدن وجود داشت مشخص بود که مرگ طبیعی نبوده و ناشی از یک مسمومیت است.»
